Kurikulum pondok pesantren manhajussalikin mengabungkan antara kurikulum khas pondok dan kurikulum pemerintah.Kurikulum pondok pada tingkat Ula setara SD/MI memuat beberapa pelajaran yang menjadi ciri khas pondok pesantren yang meliputi pelajaran: tahfizh dan tahsin, Bahasa Arab, Siroh, Tauhid, Akhlak, zikir dan doa, hadist, dan fiqih. Sedangkan kurikulum pemerintah memuat pelajaran umum berupa: matematika, bahasa indonesia, ilmu pengetahuan alam, ilmu pengetahuan sosial, pendidikan pancasila dan kewarganegaraan, seni budaya kesenian, dan pendidikan jasmani.

Kurikulum pondok pada tingkat wustho setara SMP/MTs memuat beberapa mata pelajaran yang menjadi ciri khas pondok pesantren yang meliputi pelajaran; Tabir, Hiwar, Arabiyah Binna Yadaika, Durus Lughah, Khat, Tahsin, Im’la, Azkar, Nahwu, Fikih Muyassar, Siroh Nabawiyah, Shorof, Utsul Tsalasah,  Arbain, Umdatul Akham, Kitab Tauhid, dan Ahadist Akhlak. Sedangkan kurikulum pemerintah memuat beberapa mata pelajaran yang menjadi syarat untuk santri dapat mengikuti Ujian Negeri (progam salafiyah) atau Ujian Nasional paket kesetaraan untuk tingkat wustho yaitu matematika, bahasa indonesia, bahasa inggris, ilmu pengetahuan alam, ilmu pengetahuan sosial, dan PPKN.

1. Kompetensi

Kompetensi yang harus dimiliki santri disusun berdasarkan kurikulum khas pondok dan kurikulum pemerintah.

1. Kompetensi pada kurikulum khas pondok

Kompetensi pada kurikulum khas pondok di bagi menjadi 3 program yaitu Tahfiz, Aqidah, dan Bahasa Arab.

1. Kompetensi yang harus dimiliki santri secara umum pada seluruh program:

• Keislaman (islamic competence /kafa-ah islamiyah).

1. Hafal al-quran dan memahami isinya.
2. Beribadah sesuai dengan tuntunan rasulullah.
3. Beraqidah lurus seperti yang diajarkan rasulullah.
4. Suka dan senang menjalankan ibadah.

• Sikap / perilaku (attitudes / kafa-ah sulukiyah).

1. Beriman dan bertaqwa.
2. Berilmu dan mengamalkannya.
3. Memiliki pola hidup sehat.
4. Peduli dan peka.
5. Tanggung jawab
6. Senang belajar
7. Disiplin
8. Percaya diri

• Pengetahuan (knowledges / kafa-ah ‘ilmiyah).

1. Lancar membaca kitab berbahasa arab.
2. Memahami bahasa arab.
3. Memahami dan mengamalkan syariat islam.

• Keterampilan (skills / kafa-ah maharot).

1. Bisa berbahasa arab aktif.
2. Bisa tampil berpidato dan membawakan acara dalam bahasa arab.
3. Bisa membela diri dan seni bela diri.
4. Mempunyai life skill.
5. Mempunyai kemampuan survival.